O Seminário de São Paulo de Almada foi fundado como seminário do Patriarcado de Lisboa no ano de 1935, mas já antes a casa contava com um rico historial, de grande relevo na vida de Portugal e de toda a zona circundante de Lisboa. Assim, a vida desta belíssima casa começa no já longínquo ano de 1569, com a fundação do Convento Dominicano de São Paulo de Almada por Frei Francisco Foreiro, insígne teólogo que se distinguiu no Concílio de Trento, e então Provincial da sua Ordem no nosso país, que nele viria a falecer e ser sepultado em 1581, onde ainda hoje se encontra.
Em 1755, o Convento sofre grandes danos, e só a Igreja é restaurada quase de imediato, motivo pelo qual passa a sede da paróquia de Nª Sª da Assunção do Castelo, cuja igreja havia caído com o sismo. Dez anos depois, e porque as condições nunca mais foram as mesmas desde aquele catalismo, os Frades Pregadores abandonam o Convento de São Paulo.Começa aqui o rol das muitas tribulações e mãos pelas quais o Convento passou. Em 1775, os Dominicanos vendem a quinta a um industrial francês, François Palyart, e a casa conventual, em 1776 aparece já na posse das Ordens Militares, que por sua vez, e ainda no mesmo ano, a tornam a vender, desta feita ao mesmo francês que já tinha comprado a quinta. A igreja e uma das alas do convento ficaram para a paróquia.Com o decreto de extinção das Ordens Religiosas de 1834, os bens dessas instituições passam a fazer parte do património estatal, mas isso em nada afecta a Igreja de São Paulo, que era paroquial e não de ordem religiosa. Mas no ano seguinte, perde esse carácter, pois a paróquia de Nª Sª da Assunção do Castelo foi definitivamente incorporada na de Santiago de Almada, ficando a igreja entregue aos cuidados de uma das suas irmandades, a do Rosário. Segue-se uma fase extremamente confusa, com vendas e contravendas, falências e casos mal esclarecidos.
Em 1755, o Convento sofre grandes danos, e só a Igreja é restaurada quase de imediato, motivo pelo qual passa a sede da paróquia de Nª Sª da Assunção do Castelo, cuja igreja havia caído com o sismo. Dez anos depois, e porque as condições nunca mais foram as mesmas desde aquele catalismo, os Frades Pregadores abandonam o Convento de São Paulo.Começa aqui o rol das muitas tribulações e mãos pelas quais o Convento passou. Em 1775, os Dominicanos vendem a quinta a um industrial francês, François Palyart, e a casa conventual, em 1776 aparece já na posse das Ordens Militares, que por sua vez, e ainda no mesmo ano, a tornam a vender, desta feita ao mesmo francês que já tinha comprado a quinta. A igreja e uma das alas do convento ficaram para a paróquia.Com o decreto de extinção das Ordens Religiosas de 1834, os bens dessas instituições passam a fazer parte do património estatal, mas isso em nada afecta a Igreja de São Paulo, que era paroquial e não de ordem religiosa. Mas no ano seguinte, perde esse carácter, pois a paróquia de Nª Sª da Assunção do Castelo foi definitivamente incorporada na de Santiago de Almada, ficando a igreja entregue aos cuidados de uma das suas irmandades, a do Rosário. Segue-se uma fase extremamente confusa, com vendas e contravendas, falências e casos mal esclarecidos.

Enquanto isso, na nova diocese de Setúbal, nascia o Seminário Diocesano logo a 2 de Fevereiro de 1976, pela mão do seu primeiro bispo, D. Manuel Martins. Este seminário, no entanto, não teve outra existência senão a formal durante cerca de quinze anos, com os seminaristas de Setúbal a fazerem a formação fora do território da diocese, na sua maior parte nos seminários de Almada e Olivais, do Patriarcado. Ao mesmo tempo que, em 1986, o Seminário de São Paulo comemorava as suas Bodas de Ouro, ia nascendo e crescendo o desejo em D. Manuel Martins de poder fazer a formação dos seus seminaristas numa instituição que tivesse a ver com a realidade da sua diocese. E foi assim que, em 1991, nasceu com três seminaristas que o iniciaram, na cidade episcopal, o Seminário de Santa Maria Mãe da Igreja, dando finalmente corpo ao Seminário Diocesano de Setúbal. Deixou-se então de frequentar o Seminário de São Paulo, completando-se somente a restante formação no Seminário dos Olivais. Mesmo este estado de coisas viria a terminar no ano de 1997, com D. Manuel Martins a chamar todos os seminaristas a Setúbal, devido ao facto de entender estarem reunidas todas as condições para a formação ser feita integralmente na Diocese.Neste intervalo de tempo, nunca a situação do Seminário de Almada e do Cristo-Rei surgiu como «natural» aos olhos dos diocesanos de Setúbal, que olhavam com alguma estranheza a sua continuada situação de enclave dentro da nova Diocese, sem resolução definitiva à vista. Pela conjugação de diversos factores, no ano de 1998 foi possível às duas dioceses começarem a encarar a hipótese da transferência, o que, depois de algumas conversações, se veio a realizar a 16 de Julho de 1999, XXIV Aniversário da criação da Diocese de Setúbal, já então presidida pelo seu segundo bispo, D. Gilberto D. G. Canavarro dos Reis. Os seminaristas que estavam em Setúbal vieram então para o Seminário de Almada, mantendo-se os responsáveis: como o Reitor, Mons. Alfredo Brito, e como primeiro Vice-Reitor, o Padre Carlos Rosmaninho. Em 15 de Agosto de 2002, para dar continuidade e renovar tão importante obra diocesana, o Senhor Bispo de Setúbal, como é tradição, assumiu pessoalmente o papel de Reitor, nomeou Vice-Reitor o Padre José Rodrigo da Silva Mendes F.C. e Prefeito e Ecónomo o Padre João Rosa José, sendo este último substituído, em 2005, pelo Padre Fernando Maio de Paiva. No presente ano mantendo-se como Reitor da casa, O Sernhor Bispo nomeou o Padre Fernando Paiva como Vice-Reitor e Ecónomo e o Padre Rui Gouveia como Perfeito.
A instituição Seminário de S. Paulo foi assim plenamente assumida, com a sua história e tradição já longas, pela Diocese de Setúbal, que deseja torná-la coração e viveiro de muitas vocações, para a Diocese e para tudo aquilo que o Senhor pede à Sua Igreja. Procura não desdizer o passado das duas instituições que lhe deram origem: o Seminário Patriarcal de S. Paulo e o Seminário de Santa Maria, Mãe da Igreja. Estes foram como que os «progenitores» desta nova situação do Seminário Maior de S. Paulo: um «pai» ardente no zelo do Apóstolo de quem tomou o nome, e uma «mãe» pobre e simples que toma d'Aquela que lhe deu a existência a fé confiante e a vontade de servir até ao fim, «até à morte e morte de cruz» e «guardando sempre tudo no coração».